Tradicionalmente el origen y fundación de este convento va unido a la figura de San Pedro Nolasco, a quien Fernando III dona la basílica de Santa Eulalia tras la conquista de la ciudad. El edificio ha sufrido numerosas transformaciones desde su fundación. El conjunto actual es obra del XVIII, aunque reformado en 1850, cuando fue destinado a hospicio, y en 1960, para adaptarlo a sede de la Diputación Provincial, adquiriendo su actual fisonomía bajo la dirección del arquitecto Rafael de la Hoz Arderius.
El 29 de enero de 1978, Manuel López Toledano movido por una venganza,quema la iglesia que reduce el retablo mayor a cenizas. En la primera década del siglo XXI comienzan los trabajos de restauración preveyéndose su conclusión en el año 2010.
En las excavaciones realizadas para construir el garaje entre los años 1973-1974, aparecieron restos de una construcción de sillares romanos que aportaron abundante cerámica aretina del tipo H 8. Con anterioridad habían aparecido restos de un baptisterio y de una cripta, que fue identificada con la de Santa Eulalia. Algunos historiadores han pensando que se trata de una construcción visigoda de la época de Recaredo, no se dscarta la posibilidad de que pudiera ser de la época paleocristiana.
Del convento construido en el XIII no se ha conservado resto alguno, aunque sabemos que se encuentra ubicado en el mismo lugar en que se fundó.El edificio actual es una obra del XVIII, en su construcción hubo dos fases. La primera corresponde a los comienzos del siglo XVIII, cuando se construye el claustro secundario y dependencias anejas, aunque de ellas sólo se han conservado el patio y la escalera. Esta última fue financiada por el cardenal Salazar y la hizo
Francisco Hurtado Izquierdo.
En una segunda etapa se acomete la construcción de la iglesia, el claustro principal, la escalera y las dependencias que lo rodean. Se transforma también la fachada exterior del convento, dándole al conjunto la mayor conjunción y unidad. Este queda así constituido por un gran rectángulo bellamente ensamblado en el que la horizontalidad de la fachada principal queda rota por la verticalidad de la iglesia.
Las obras se desarrollaron entre 1716 y 1760, bajo el patrocinio Fray Pedro de Anguita, Fray Pedro González y Fray Lorenzo García Ramírez; se desconocen los maestros que las llevaron a cabo.
La iglesia se realiza entre 1716 y 1745. Está situada en el centro del conjunto y sirve de eje divisorio entre los dos claustros que articulan el edificio. El exterior muestra una fachada estructurada en tres calles por medio de pilastras que separan la parte central de las laterales, rematadas éstas por sendas espadañas. La calle central coincide con el desarrollo de la nave principal del templo; está formada por tres cuerpos sobre los que descansa un frontón triangular coronado por la figura de San Rafael. En el centro sobresale la portada de la iglesia, en piedra blanca, con gran movimiento en las cornisas y soportes, destacando en el segundo cuerpo una hornacina con la imagen pétrea de Nuestra Señora de la Merced.
La iglesia es de cruz latina inscrita en un rectángulo. Tiene cabecera plana -flanqueada por sacristías-, tras naves y crucero. Por encima de los arcos formeros, a lo largo de los brazos de la cruz, se abren tribunas. La nave central se cubre con bóveda de cañón con lunetos y los brazos del crucero lo hacen con cuartos de esfera divididos en tres gajos. Los elementos tectónicos se decoran con medallones policromados, donde aparecen bustos en medio relieve de los santos y beatos de la orden mercedaria enmarcados por ricas yeserías. Tiene un amplísimo coro alto cuyo antepecho se incurva para incorporar las tribunas de los órganos, desdichadamente perdidos. El testero del coro lucía una pintura mural de medio punto, que representaba la Aparición de San Rafael al beato Simón de Sousa realizada por José Ignacio de Cobo y Guzmán.
Alrededor de 1770 se encargó a
Alonso Gómez de Sandoval el retablo mayor, desgraciadamente desaparecido en el violento incendio de 1978.
Una vez concluida la iglesia debió realizarse el claustro principal, terminado hacia 1752. Es de planta cuadrangular y está formado por dos pisos; el bajo es porticado y presenta arcos de medio punto sobre pares de columnas toscanas. El segundo piso es cerrado y tiene pilastras, ornamentadas con placados, y balcones en los espacios intermedios. En el centro luce una gran fuente de mármol negro.Por entonces se construyó también la escalera que arranca de la crujía meridional del patio y pone en comunicación las dos plantas del edificio. Muestra un primer tiro sencillo y centrado, se divide en dos lateralesy está realizada con mármoles de diversos colores. Se cubre con una cúpula semiesférica decorada con relieves policromados que representan escenas de la vida de San Pedro Nolasco.
Guarda esta institución una serie de obras artísticas de épocas diversas.Entre las piezas de mayor antigüedad destacan una bellísima copa gremial. Tiene lienzos que pertenecen al Museo de Bellas Artes, que las posee en depósito.Al siglo XIX corresponden un interesante grupo de obras pictóricas realizadas por los distintos artistas.
En el campo de la escultura destacan las creaciones de Mateo Inurria Lainosa, entre las que sobresalen Alegoría de Córdoba, de 1888, y Materia en triunfo, de 1889, una de sus más importantes creaciones.
La pintura del siglo XX está representada por un buen plantel de artistas locales y foráneos cuyas obras reflejan las múltiples tendencias del arte de nuestro tiempo.
